Istanbul Erkek Lisesi İstanbul Erkek Lisesi'nin kökenini, ilk özel okul olarak açılan Numune-i Terakki oluşturur. Bu okul, Bahriye emekli yüzbaşısı Mehmet Nadir Bey tarafından 1884 yılında kurulmuştur. Kısa sürede gelişmiş, tanınmış ve modern bir okul haline gelmiştir. Maarif Nezareti, 1896 yılında okulu satın alarak resmileştirmiştir. 1913 yılında okulun adı İstanbul Sultanisi olarak değiştirilmiştir. Birinci Dünya Savaşı'nın başlamasıyla, Karaköy'de bulunan Özel Saint Benoit Fransız Lisesi'nin binası, hükümet kararıyla İstanbul Sultanisi'ne tahsis edilmiştir. Binanın bir kısmı savaş yıllarında hastane olarak kullanıldığı için duvarlar, o dönemin hastane rengi olan sarıya boyanmıştır. 1915 yılında Çanakkale Savaşı'nın başlamasıyla, İstanbul Sultanisi'nin izci teşkilatından tahmini 50-60 son sınıf öğrencisi, vatanlarını savunmak için gönüllü olarak savaşa katılmıştır. Ancak 18 Mayıs'ı 19 Mayıs'a bağlayan gece öğrencilerin şehit olduğu haberi okula ulaştığında, okul derin bir yas içine girmiştir. Geriye kalan öğrenciler, matemlerini dile getirmek için şehit arkadaş ve ağabeylerinin anısına pencere pervazlarını ve kapıları siyaha boyamışlardır. Bu olaydan sonra okulun renkleri sarı-siyah olarak benimsenm